Conform REGULAMENTULUI DE ORGANIZARE A ACTIVITĂŢII FOTBALISTICE, articolul 56, anexa 1, în anul competiţional 2006-2007, Liga a 2-a, compusă din 2 serii a câte 18 echipe, se va desfăşura după următorul regulament :

1.      Rămân în Liga a 2-a echipele clasate pe locurile 3-14 în fiecare dintre cele două serii ;

2.      Retrogradează în Liga a 3-a echipele clasate pe locurile 18, 17, 16 şi 15 în fiecare dintre cele două serii ;

3.      Promovează din Liga a 3-a în Liga a 2-a un număr total de 8 echipe, respectiv, echipele clasate pe primul loc în fiecare dintre cele 6 serii şi alte două echipe clasate pe locul 2 în fiecare serie, urmare a câştigării turneelor de baraj. Barajele se organizează pe teren neutru, după sistemul 1-3, 3-2 şi 1-2, respectiv 4-6, 6-5 şi 4-5 (cifrele corespund fiecărei serii geografice a Ligii a 3-a) ;

4.      Echipele din Liga a 2-a care retrogradează sunt obligate să realizeze baremul de 25 de puncte ;

5.      Echipele retrogradate din Liga a 2-a, care nu realizează baremul, vor fi penalizate în campionatul următor, când vor activa în Liga a 3-a, cu diferenţa dintre punctele realizate şi cele stabilite prin barem ; 

6.      În cazul retragerii sau excluderii uneia sau a mai multor echipe din campionatul Ligii a 2-a, înainte de sfarşitul turului, baremul de puncte care trebuie realizat de echipele retrogradate se reduce procentual, în funcţie de numărul de echipe retrase sau excluse .